در سال ۱۳۸۴ آقای دکتر نوری نائینی از سوی دولت ج.ا.ایران به عنوان کاندیدا برای احراز پست ریاست مستقل شورای فائو معرفی شد و در انتخاباتی که در آذرماه همان سال در مقر آن سازمان برگزار شد در برابر رقیب هلندی به پیروزی رسید و به برای مدت دو سال ریاست شورای فائو، که بعد از مدیر کل دومین پست مهم انتخابی آن سازمان است، را برعهده گرفت. ایشان مجدداً در آذر سال ۱۳۸۶ برای بار دوم به عنوان ریاست شورای فائو از سوی کشورهای عضو سازمان برگزیده شد و طی این مدت نیز باز توانایی خود را به شایستگی به نمایش گذاشت و علاوه بر ریاست شورای فائو، به مدت ۲ سال ریاست کمیتهٔ کنفرانس برای پیگیری اصلاحات ساختاری مورد تأکید در برنامهٔ ارزشیابی فائو را عهده‌دار شد به‌گونه‌ای که به اعتقاد بسیاری ایشان را می‌توان پدر اصلاحات در فائو لقب داد.
دکتر سیدمحمدسعید نوری نائینی علاوه بر مسئولیت‌های بین‌المللی متعدد از فعالیت‌های آکادمیک خود غافل نشد و تألیفات زیادی در قالب مقالات و کتاب از خود برجای گذاشت. از جمله می‌توان به تألیف کتاب‌های "امنیت غذایی و توسعه کشاورزی"، "کارایی کشاورزی سنتی در ایران"، "تحلیل اقتصادی نظام تخصیص منابع در کشاورزی سنتی" منتشره از سوی دانشگاه کرنل آمریکا اشاره نمود. همچنین کتاب‌های "توسعه یعنی آزادی" نوشتهٔ آمارتیاسن برندهٔ جایزهٔ نوبل در رشتهٔ اقتصاد، "گذار از کشاورزی سنتی" تألیف تئودور شولتز و "مدیریت و ارزیابی پروژه" توسط ایشان ترجمه و به چاپ رسیده است. دکتر محمدسعید نوری نائینی به همراه ۵ کاندیدای دیگر از کشورهای اتریش، اندونزی، اسپانیا، برزیل و عراق کاندیدای تصدی پست مدیر کلی فائو می‌باشند.
